Tại Phú Yên, bão làm 1 người chết, 5 người mất tích, 4 người bị thương. Hơn 100 tàu thuyền bị sóng đánh chìm, trong đó 4 tàu vận tải bị trôi vào vùng biển Khánh Hoà. Hàng ngàn lồng bè nuôi trồng thuỷ sản bị vỡ, cuốn trôi ra biển. Hệ thống giao thông liên lạc, điện chiếu sáng bị hư hại.
Huyện Vạn Ninh, Khánh Hòa là nơi chịu nhiều thiệt hại trong bão số 12. Tại đây có đến 3 người chết, 5 người bị thương. Chính quyền địa phương vận động người dân đi trên các bè gỗ vào các đảo để tránh bão nhưng trong đó, có 38 người bị mắc kẹt tại mũi Hòn Gà, Hòn Dung, xã Vạn Thạnh và mũi Hòn Già, xã Vạn Hưng. Những người này đang bị ướt lạnh, nguy hiểm đến tính mạng.
Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển đã điều động tàu ra các đảo Hòn Gà, Hòn Già cứu người. Đến 16h30, tàu Cảnh sát biển đã tiếp cận được số người bị kẹt trên đảo, chăm sóc sức khỏe cho họ và đưa vào bờ.
Đây là cơn bão lớn, tuy vậy người dân các tỉnh Nam Trung Bộ vẫn còn tâm lý chủ quan. Trước bão, chính quyền địa phương đã vận động, thông báo nhiều lần nhưng nhiều người vẫn ở lại lồng bè nuôi trồng thủy sản, nguy hiểm tính mạng khi gió to, bão lớn. Nhiều ngư dân không chằng néo kỹ phương tiện nên thiệt hại về tàu thuyền rất lớn.
Mưa bão đã làm đường sắt Bắc Nam đoạn qua các tỉnh Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa gián đoạn, có 7 đoàn tàu với hàng ngàn hành khách kẹt lại ở tại các ga Nha Trang, Phong Thạnh, Diêu Trì, đến 18h chiều nay mới thông tuyến trở lại.
Tại khu vực biển Quy Nhơn, tỉnh Bình Định, hơn 120 tàu hàng neo đậu tránh bão trong khu vực cảng và ngoài vịnh Quy Nhơn thì đã có 6 tàu bị chìm, một số tàu bị sóng đẩy lên bờ. Trong số 51 tàu thả neo ở vị trí phao số 0 có 6 tàu hàng bị chìm hẳn.
Tỉnh Bình Định đã huy động mọi phương tiện giải cứu các thuyền viên trên các tàu gặp nạn ở vùng biển Quy Nhơn; đồng thời kiến nghị Chính phủ, Ủy ban Quốc gia Tìm kiếm cứu nạn khẩn cấp điều tàu lớn vào biển Quy Nhơn giải cứu nhóm thuyền viên trên các tàu hàng, tàu cá bị chìm tại vùng biển này.
Chiều tối 4.11, Phó Thủ tướng Trịnh Đình Dũng đã đến Cảng Quy Nhơn trực tiếp chỉ đạo ứng cứu các tàu gặp nạn. Sau đó Phó Thủ tướng cùng lãnh đạo Bộ NNPTNT di chuyển đến Phú Yên để kiểm tra tình hình khắc phục bão số 12.
